Entre los cambios centrales, el decreto aprueba un nuevo organigrama que redefine la distribución de áreas administrativas, sanitarias y técnicas. En ese esquema se reorganizan direcciones nacionales, generales y coordinaciones vinculadas a la gestión de recursos, tecnología, asuntos jurídicos y relaciones institucionales, al tiempo que se ajustan otras dependencias ya existentes.
También incorpora nuevas áreas orientadas a fortalecer la gestión de políticas de discapacidad. Destacan dependencias como la Dirección Nacional de Gestión y Asignación de Apoyos, la Dirección de Evaluación y Certificación de la Discapacidad y la Dirección de Regulación de Servicios. También se crea la Dirección del Observatorio de Discapacidad que tendrá a su cargo la sistematización y análisis de información sobre el acceso a derechos, apoyos y prestaciones. También se reordenan las áreas encargadas de la gestión de pensiones no contributivas, con énfasis en la estandarización de procedimientos, el control de expedientes y la articulación con otros organismos del Estado.
En paralelo se suprimen áreas como la Dirección Nacional de Sistemas de Información Sanitaria y distintas coordinaciones de la ex Agencia Nacional de Discapacidad como las de Monitoreo Operativo, Comunicación y Enlace de Asignaciones Económicas y cargos dentro de la ex Unidad de Auditoría Interna.