Un informe de la consultora especializada Adventus detalló que Flybondi encabezó los rankings de impuntualidad tanto en el último trimestre de 2024 como en el primero de este año. La consultora publica un índice que pondera la cantidad de cancelaciones sobre el total de vuelos de una aerolínea. Entre enero y marzo de 2025, Flybondi fue la línea con peor desempeño, con un índice de 2,04, triplicando en incumplimientos a la segunda compañía de ese ranking, la paraguaya Paranair, que obtuvo un índice de 0,77.
A esas dificultades con los usuarios, se sumaron los cruces con el gobierno nacional y bonaerense como respuesta a las quejas de los pasajeros. Flybondi registró constantes cancelaciones de servicios, con un pico de 71 vuelos reprogramados durante las Fiestas de fin de año de 2024 que afectaron a 13.000 pasajeros.