Está conducido por un directorio integrado por ocho miembros y un presidente -Daniel Salamone- que designa el Ejecutivo. Los miembros del órgano surgen de ternas propuestas por investigadores activos en las áreas del conocimiento, el Consejo de Universidades, organizaciones de la industria, del agro y de la ciencia y tecnología de las provincias. Los mandatos duran cuatro años y la mitad se renuevan cada dos.
Según pudo saber TN, el Ejecutivo postergó una reforma estructural del organismo -con recortes en departamentos-, pero planea impulsar cambios en el proceso de ingreso con la intención de excluir a los investigadores de las ciencias sociales y humanidades y priorizar la incorporación de perfiles técnicos con relación a la energía, minería, salud, entre otras áreas.